
有關撒瑪利亞人的資料來源短缺,且資料之間出現矛盾;現存的文獻,除了《撒瑪利亞五經》(Samaritan Pentateuch;約主前第二世紀,為撒瑪利亞人自己所修訂)外,其餘都是相當後期的,多來自中世紀,因此撒瑪利亞人的起源歷來備受爭議(參 Hjelm, The Samaritans and Early Judaism: A Literary Analysis, 2000年,頁13-75;H. G. M. Williamson and C. A. Evans, “Samaritans,” Dictionary of New Testament Background, 2000年,頁1057-1059)。
撒瑪利亞人較為主要的文獻,包括Memar Marqah,主後第四世紀的著作,包含一些較早期的傳統,內容有關摩西事蹟的重寫;Defter,撒瑪利亞人的禮儀書;Kitab al-Tarikh,主後1355年撒瑪利亞人的數本年代誌(chronicles),以及《撒瑪利亞他爾根》(Samaritan Targum)。
我們幾乎無法仔細重構他們在新約時代的信仰。因此,任何嘗試為《約翰福音》、《使徒行傳》第七章或《希伯來書》等經文建構一個「獨特的」撒瑪利亞人背景的研究,我們都要小心衡量。
假設新約的撒瑪利亞人是一個獨立的群體,他們的出現不會早於希臘時代(主前第四世紀末),即示劍經歷長時期荒廢後被重建的時期。這樣,《以斯拉記》(book of Ezra)和《尼希米記》(book of Nehemiah)所記載波斯時代初期猶太社群的敵人,很可能就是北省的一些居民;他們主要是由政治上的動機激發,起來反對以色列人重建耶路撒冷。當中有些人持守以色列信仰(拉4:2)是可能的,因為舊約聖經本身亦承認不是所有舊約北國的居民都在主前721年被流放(代下第三十章),而一些外來者亦可能被留下來的人所同化。
在撒瑪利亞淪陷後導致人重新定居於此地、並由此凝聚成撒瑪利亞人的社群的原因無法完全確實知道。在耶利哥(Jericho)以北大概14公里的達利耶窪低(Wadi ed-Daliyeh)的一個偏僻山洞內,考古學家發現了超過200具骸骨(和源自撒瑪利亞的蒲草紙),顯示其他難民就沒有他們那麼幸運。
在昆蘭(Qumran)、示劍、基利心山(Mount Gerizim)及達利耶窪低的考古遺跡,有可能撒瑪利亞城被亞歷山大大帝征服(大約主前第四世紀)及完全希臘化之後,掌控撒瑪利亞城的家族(參 王下17:29)失勢,一群力求信仰純正的人(可能還加上一些跟北國女子通婚而不能再留在耶路撒冷的祭司)決定另起爐灶,轉移到示劍古城重建群體,好讓他們不受干擾地實踐信仰。